В настоящее время в академии научные исследования проводятся по следующим направлениям:

1. Клинические и патогенетические закономерности развития острых и хронических форм коронарной болезни сердца и её осложнений (руководитель: д.м.н., профессор Говорин А.В., д.м.н. Зайцев Д.Н.)
2. Клинико-эпидемиологические, патогенетические и медико-социальные аспекты основных психических и наркологических заболеваний в Забайкальском крае (руководитель: д.м.н. А.В.Сахаров).
3. Молекулярные и клеточные механизмы регуляции иммунологической реактивности организма, гемостаза и циркуляции крови в норме и патологии (руководитель: профессор Ю.А.Витковский)
4. Разработка лекарственных технологий для фармакотерапии когнитивных расстройств при заболеваниях нервных расстройств (руководитель: профессор Ю.А.Белозерцев)
5. Сердечно - сосудистая и коморбидная патология: клиника, патогенез, вопросы профессиональной медицины ( руководитель: профессор В.В.Горбунов)
6. Клинико-метаболическая характеристика дисфункций щитовидной железы ( руководитель: д.м.н. Серебрякова О.В.)
7. Гендерные особенности патогенеза, клиники и лечения заболеваний внутренних органов (руководитель: профессор Н.В.Ларёва)
8. Комплексная оценка состояния общественного здоровья и здравоохранения на региональном уровне: социально-гигиенические, экономические, организационные, информационные аспекты (руководители: профессор Н.Ф.Шильникова, д.м.н. О.В.Ходакова)
9. Болезни детского возраста: эпидемиология, факторы риска, механизмы формирования, клиника, диагностика, лечение, профилактика ( руководители: профессор И.Н.Гаймоленко, д.м.н. И.К.Богомолова)
10. Эпидемиология, клиника, диагностика, лечение и профилактика стоматологических заболеваний в возрастном аспекте у жителей Забайкальского края (руководитель: профессор И.С.Пинелис)
11. Персонализированные аспекты развития осложнений при патологии опорно-двигательного аппарата (руководитель: д.м.н. Мироманов А.М.)
12. Роль микровезикул в физиологии и их триггерные свойства в формировании патологических процессов (руководитель: профессор Н.Н.Цыбиков)
13. Антенатальная охрана плода и оптимизация родоразрешения у женщин в Забайкальском крае (руководитель: к.м.н. М.Н.Мочалова).