История музея анатомии человека началась с 1974 г. в ЧГМИ. Инициатором и организатором этой работы стал ассистент Попрядухин В.Д. В начальный период деятельности первые препараты создавались студентами младших курсов. В условиях отсутствия опыта, в полной мере не владея методами забора и обработки, фиксации и монтажа материала, прикладывая усилия и проявляя терпение – были сделаны первые музейные препараты, которые отвечали всем требованиям по качеству и информативности. В дальнейшем эти студенты стали высококвалифицированными специалистами в разных областях медицины.

За прошедшие годы сотрудники кафедры овладели всеми существующими в мировой практике методиками изготовления анатомических препаратов, в том числе разработали собственные, оригинальные (авторские) способы изготовления.

На сегодняшний день музей обладает богатой коллекцией качественных анатомических препаратов по всем разделам анатомии человека.

Встречаются довольно редкие и, в своём роде, уникальные препараты.

В помещении музея все препараты структурированы по систематическому принципу, чтобы студенты могли изучать их на практических занятиях и в процессе самостоятельной подготовки. Наличие и возможность пользоваться препаратами особенно актуальна в связи с резким ограничением поступления биологического материала.

В 2024 году в музее произведён капитальный ремонт, обновлены стеллажи, заменено напольное покрытие, отопление, необходимым образом смонтировано освещение. Всё это позволило обновленным взглядом увидеть анатомические препараты.

В настоящее время перспективной задачей представляется цифровая трансформация музея, то есть создание электронной виртуальной версии анатомического музея.