Факультет начал свою работу с 1 сентября 1998 года на основании приказа ректора от 05.05.1998 года. Юридическим основанием для создания этого факультета послужил приказ МЗ РФ от 16.05.1997 года, согласно которому учреждения высшего медицинского образования, наряду с основными образовательными программами, могут заниматься дополнительным профессиональным образованием. С октября 1999 года деканом факультета повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов был назначен Заслуженный врач РФ, д.м.н., профессор Николай Васильевич Говорин. В структуру факультета входят подразделения: отдел клинической ординатуры и интернатуры, отдел повышения квалификации и сертификации врачей, методический отдел.

Факультет осуществляет и координирует всю последипломную подготовку врачей. Основными задачами факультета являются:

• Удовлетворение потребностей практического здравоохранения в   получении врачами новых знаний, умений и передового опыта медицинской науки.
• Проведение циклов повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов, подготовка врачебных кадров к выполнению новых трудовых функций.
• Проведение послевузовской подготовки – первичной специализации в интернатуре и клинической ординатуре.
• Организация и проведение квалификационных экзаменов у врачей и их сертификация

В настоящее время последипломная подготовка осуществляется на четырех кафедрах факультета и 20 курсах при студенческих кафедрах. Кафедры и курсы факультета располагаются в наиболее крупных и современно оборудованных лечебно-профилактических учреждениях города.

     Кадровое сопровождение образовательного процесса проводится высококвалифицированными специалистами, обладающими большим опытом как практической, так и преподавательской деятельности. В целом в образовательном процессе по последипломному обучению участвуют 157 преподавателей академии. Имеют ученую степень 93%, из них 20% являются докторами наук и профессорами, 74% - кандидатами медицинских наук и доцентами, 11 - заслуженных врачей РФ. Высшую или первую квалификационную категорию имеют 85% преподавателей. 12 сотрудников являются главными внештатными специалистами Министерства Здравоохранения Забайкальского края. За последние пять лет сотрудниками кафедр факультета и курсов последипломного обучения защищено 10 докторских и 65 кандидатских диссертаций, издано 18 монографий и 70 пособий для врачей, из которых 7 имеют гриф УМО. К образовательной деятельности также привлекаются ведущие специалисты органов здравоохранения. Учебно-производственный план работы факультета, учебные планы и программы ежегодно согласовываются территориальными органами управления здравоохранением и Министерством Здравоохранения РФ.    Образовательные программы подготовки в интернатуре и клинической ординатуре соответствуют федеральным государственным требованиям, программы дополнительного профессионального образования - квалификационным характеристикам по специальностям. Учебный процесс обеспечен необходимой, регулярно обновляемой учебной литературой. В библиотеке ЧГМА имеется более 60 000 единиц учебной и учебно-методической литературы для обучения специалистов.    Подготовка в интернатуре и клинической ординатуре проводится по 55 специальностям. В клинической ординатуре осуществляется многоуровневая профессиональная подготовка высококвалифицированных специалистов. В ординатуру принимаются врачи по плану МЗ РФ на конкурсной основе, а также договорных условиях. В 2014-2015 годах в академии первичную специализацию проходят 550 человек, из них 219 – врачей обучается в клинической ординатуре и 331 в интернатуре.

Повышение квалификации врачей осуществляется на циклах общего усовершенствования, тематического усовершенствования, стажировке по специальности, специальных сертификационных циклах, согласно приказу № 415н МЗ РФ от 07.07.2009 года. По окончании обучения выдается свидетельство о прохождении цикла усовершенствования, после сдачи квалификационного экзамена выдается сертификат специалиста в соответствии с номенклатурой разрешенных специальностей. Профессиональная переподготовка проводится для выполнения нового вида профессиональной деятельности на основании установленных квалификационных требований к конкретным профессиям в объеме свыше 500 часов аудиторных занятий и после итоговой аттестации выдается диплом о профессиональной переподготовке. Качество подготовки специалистов оценивается с помощью разнообразных форм и методов тестового контроля, решения ситуационных задач, собеседования с преподавателями, зачетов и экзаменов. 
   Факультет активно участвует в работе Координационного совета Сибирского Федерального округа по послевузовскому и дополнительному профессиональному образованию.
   За последние пять лет на ФПК и ППС дополнительное профессиональное образование получили около 8 000 врачей, в том числе профессиональную переподготовку – 1 600. В Читинской государственной медицинской академии обучаются доктора из Забайкальского края, Бурятии, Якутии, Амурской области, Сахалина и других регионов. 

• удовлетворение потребностям практического здравоохранения;
• формирование учебно-методических комплексов в соответствии с федеральными государственными требованиями к структуре основных образовательных программ послевузовского и дополнительного профессионального образования;
• развитие современных систем и технологий обучения;
• совершенствование контроля знаний и умений обучающихся;
• улучшение системы повышения квалификации научно-педагогических кадров Академии;
• модернизация материально-технической базы.