В настоящее время в академии научные исследования проводятся по следующим направлениям:

1. Клинико-патогенетическое значение нейровоспаления у пациентов с первым эпизодом шизофрении при терапии антипсихотиками (руководитель – д.м.н., доцент А.В. Сахаров).
2. Сердечно-сосудистая и коморбидная патология: клинико-патогенетические взаимодействия (руководитель – д.м.н., профессор В.В. Горбунов).
3. Клинические и  патогенетические  закономерности развития острых и  хронических форм коронарных болезней  сердца и  их осложнений (руководитель – д.м.н., профессор Д.Н. Зайцев).
4. Малоинвазивные технологии в хирургии и урологии (руководитель – д.м.н., профессор С.Л. Лобанов).
5. Особенности функционирования единой клеточно-гуморальной системы защиты при воздействии на организм различных повреждающих факторов (руководители –д.м.н., доцент Е.В. Фефелова).
6. Клинико-патогенетические закономерности развития и персонификация подходов к диагностике, лечению, реабилитации, профилактике и прогнозированию течения заболеваний детского возраста (руководители – д.м.н., профессор И.К.Богомолова; д.м.н., профессор В.А. Щербак).
7. Персонализированные механизмы развития заболеваний и/или осложнений в травматологии и ортопедии (руководитель – д.м.н. А.М. Мироманов).
8. Эпидемиология, клиника, диагностика, лечение и профилактика стоматологических заболеваний у жителей, проживающих в условиях резко-континентального климата Забайкальского края (руководитель – д.м.н., профессор Ю.Л. Писаревский).
9. Аутоиммунный механизм хронизации острых воспалительных процессов (руководитель – д.м.н., профессор Н.Н. Цыбиков).