В научную работу преподаватели включились с момента образования института. Первый план научных исследований, в который были включены всего 16 тем, был составлен в 1954 году. Эти работы были продолжением ис­следований, начатых сотрудниками в других институтах.
25-26 июня 1954 года в институте состоялась первая научная конфе­ренция, на которой были заслушаны доклады А.А.Гончаровой (кафедра био­логии), А.Н.Милейковского (кафедра анатомии) и других преподавателей.

Кроме того, ученые института активно участвовали в выполнении хоз­договорных работ по изучению состояния здоровья рабочих Орловского ГОКа (руководители - доцент Б.Н.Ерофеев и профессор В.О.Флек), Харанорского угольного разреза (руководитель - доцент Ю.И.Алексенко) и Жирекенского ГОКа с разработкой мероприятий по снижению заболеваемости с временной утратой трудоспособности. Серьезным успехом сотрудников акаде­мии было ощутимое уменьшение трудопотерь и снижение на 49-72% экономического ущерба предприятиям.

Международное сотрудничество в ВУЗе развивалось в нескольких на­правлениях. В рамках договоров с Далянским медицинским институтом (КНР) и институтом традиционной китайской медицины (г. Фуджоу, КНР) был организован обмен специалистами для чтения лекций по проблемам нервных болезней, фармакологии, биохимии, патологической анатомии (1994 г.). Совместно с ЧИПР АН РФ разработаны и поданы проекты на участие в международной программе по охране территорий бассейна озера Байкал (1996г.). В эти годы были организованы и проведены четыре Международные на­учные конференции. Читинская медицинская академия вступила в ассоциа­цию вузов Японии, Восточной Сибири и Дальнего Востока, что позволило ученым академии расширить творческие контакты и выступить со своими сообщениями в Японии.

Сотрудники академии внесли большой вклад в совершенствование лечебной помощи населению области. Ежегодно издавался совместный приказ института и областного отдела здравоохранения по внедрению научных результатов в практику, включающий от 26 до 36 предложений оригинальных способов лечения, диагностики и профилактики заболеваний, а также устройств, предназначенных для медицинских целей. Были внедрены методические рекомендации В.И.Осипова, Н.И.Богомолова, Н.И.Иорданской, В.А.Сизоненко, Э.Д.Загородней, Б.И.Кузника, И.С.Пинелиса, А.Р.Варфоломеева, А.В.Вощенко, Н.В.Говорина, И.В.Неверова, А.В.Говорина, В.О.Флека.

В эти годы в Читинском государственном медицинском институте (с 1995 года академии) сложились научные школы академика РАМН В.Н.Иванова, заслуженного деятеля науки РФ Б.И.Кузника.

Ведущим направлением школы академика РАМН В.Н.Иванова является изучение влияния микроэлементов, физических и биологических факторов окружающей среды на здоровье населения и течение болезней. Внесён значительный вклад в учение о микроэлементозах, патогенетической сущности эколого-зависимых заболеваний, разработку средств диагностики и профилактики экологической патологии. Работы, созданные коллективом неоднократно демонстрировались на Всероссийских выставках, были награждены Почетной премией им. В.Вернадского.

Результаты исследований были представлены на Всероссийских и Международных научных конференциях, конгрессах, симпозиумах, легли в основу 4 монографий, более 600 научных статей в отечественных и зарубежных изданиях, 10 изобретений. Под руководством В.Н.Иванова подготовлено и защищено 8 докторских и более 30 кандидатских диссертаций. Академик МАНЭБ А.В.Вощенко с сотрудниками представил развернутую характеристику селеновой пищевой цепи 9 районов области, дал клинико-биохимическую характеристику селенодефицитной кардиомиопатии (болезни Кешана), создал биодобавки селена к ряду продуктов питания и препарат «Неоселен», утвержденный Фармакомитетом РФ. Им организован научно-производственный центр для производства «Неоселена» и внедрения его в практику лечения и профилактику целого ряда заболеваний (кардиомиопатия, акушерская патология, онкозаболевания, эндемический зоб). Осуществлена разработка и внедрение селен-содержащих лекарственных средств для животных и микроудобрений.

Школа профессора Б.И.Кузника разработала новые представления о взаимосвязи иммунитета и гемостаза, внесла большой вклад в открытие нового класса пептидных биорегуляторов «цитомединов», обосновала и внедрила в практику лечения различных заболеваний биорегулирующую терапию.
Проводимые в течение многих лет под руководством Б.И.Кузника исследования явились основой для создания новых представлений о взаимосвязи иммуногенеза и гемостаза при различных патологических состояниях. По­лучены оригинальные вещества цитомедины из различных органов и тканей, определена их роль в функционировании иммунной системы и гемостаза в патогенезе заболеваний. Сформированы новые представления о принципах цитомединовой коррекции нарушений иммунитета и гемостаза при различных заболеваниях.

Разработаны новые способы получения веществ с гепато-протекторной, иммунотропной и другой фармакологической активностью, новые способы диагностики, лечения и профилактики иммунодефицитных состояний. Исследования, проводимые коллективом, широко известны как в нашей стране, так и за рубежом. Их результаты опубликованы в 20 монографиях, более чем в 700 научных статьях, 40 из которых размещены в зарубежных журналах. Под руководством Б.И.Кузника подготовлены и защищены более 30 докторских и более 100 кандидатских диссертаций. Разработано 9 оригинальных способов получения биологически-активных веществ из сырья животного происхождения, на основе которых в АО «Самсон» (Санкт-Петербург) налажен промышленный выпуск лекарственных препаратов (тималин, тимоген, вилон, эпиталамин и др.).

Изучение проблем, связанных с иммуногенезом и гемостазом, влиянием микроэлементов на здоровье населения, являются превалирующими в структуре научных исследований академии.

НИИ экологии ЧГМА
Признанием заслуг данных школ является открытие в вузе в 1994 году Диссертационного совета по защите докторских и кандидатских диссертаций по специальностям биохимия, нормальная и патологическая физиология. В 2000 году приказом Министерства образования РФ был утвержден новый состав Совета и перечень специальностей (патологическая физиология; физиология) по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора и кандидата медицинских наук. За годы существования Совета к июлю 2002 года было защищено 9 докторских и 63 кандидатских работы.

Учитывая достижения ученых ЧГМА по изучению экологической патологии на базе проблемной и центральной научно-исследовательских лабораторий, в 1994 году приказом Министерства здравоохранения РФ был организован НИИ медицинской экологии, которым в настоящее время руководит профессор Ю.А.Витковский. Основной тематикой исследований данного института является изучение региональных особенностей физиологических и биохимических процессов при различных заболеваниях и экстремальных состояниях. В рамках НИИ функционируют две лаборатории (физиологии и патологии иммунитета и гемостаза, биохимии) и консультативная поликлиника.

С 1996 года начал издаваться научно-практический журнал «Забайкальский медицинский вестник», с 2001 года он стал региональным и выходит в свет ежеквартально. На его страницах публикуют результаты достижений не только ученые ЧГМА, но и делятся своим богатым клиническим опытом практические врачи.

Для подготовки научно-педагогических кадров в ВУЗе на протяжении многих лет функционирует аспирантура по 14 специальностям, в которой прошли обучение более 700 человек. С 2001 года открыта докторантура по специальностям патологическая физиология и хирургия.

В настоящее время научная деятельность в академии ведется по 14 основным направлениям под руководством профессоров Б.И.Кузника, Ю.А.Витковского, Н.Н.Богомолова, Н.В.Говорина, А.В.Говорина, Т.Е.Белокриницкой, Б.С.Хышиктуева, Л.П.Малежик, И.С.Пинелиса, Е.Н.Ивановой, А.В.Белоусова, В.Ю.Погребнякова, С.Л.Лобанова, Ю.В.Пархоменко, доцентов А.М.Проскуряковой, И.Н.Гаймоленко.

Итогом научной деятельности академии за пятидесятилетний период являются защита сотрудниками более 70 докторских и более 400 кандидатских диссертаций; издание около 100 монографий, более 450 учебников, учебных пособий и методических рекомендаций; присвоение 152 авторских свидетельств и патентов на изобретения.