Кафедра патологической физиологии была организована в 1955 г. и состояла из двух ассистентов и трех лаборантов, обязанности заведующего исполнял доцент В.С. Сумбаев. С января 1956 г. кафедру возглавил Василий Антонович Козлов. Под его руководством было сформировано первое научное направление исследовательской работы кафедры «Влияние ультраконтинентального климата Забайкалья на реактивность организма», в развитии которого активное участие приняли сотрудники кафедры тех лет – Е.М. Войно-Ясенецкая, Б.В. Новокрещенов, А.Г. Сибиряков, Ж.С. Зуборевич. В 1967 г. В.А. Козлов в Москве защитил докторскую диссертацию «Влияние некоторых природных факторов на здоровье человека». Василием Антоновичем была создана первая кафедральная научная школа: под его руководством были защищены 24 кандидатские диссертации. В связи с отъездом В.А. Козлова, с 1977 г. кафедрой заведовал профессор, д.м.н. В.С. Воронцов, а с 1980 г. – доцент к.м.н. В.В. Коханский. С 1984 г., уже около 30 лет, кафедрой патофизиологии заведует д.м.н., профессор Намжил Нанзатович Цыбиков. Н.Н. Цыбиковым (совместно с профессором Б.И. Кузником) была доказана абсолютно новая концепция иммунной регуляции системы гемостаза, что было изложено в его докторской диссертации. С приходом Намжила Нанзатовича было сформулировано новое научное направление кафедры: активно стала исследоваться роль аутоантител в развитии патологии человека. Кроме того, сотрудниками, во главе с профессором Цыбиковым, активно изучались свойства пептидов, полученных из различных органов животных и птиц. Итогом этих плодотворных исследований стало создание, успешные испытания и утверждение ветеринарным фармакологическим комитетом СССР новых лекарственных средств для лечения птиц (авистимулин) и животных (тимоветы). За проделанную работу в 1991 г. Н.Н. Цыбиков и Б.И. Кузник были удостоены Премии Совета Министров СССР. На сегодняшний день под руководством профессора Н.Н. Цыбикова защищено 3 докторских и 31 кандидатская диссертация.